النظام الرئاسي الجمهوري هو نظام الحكم الحالي في السودان ورئيس الجمهورية هو رئيس الدولة. حيث تم انتخابه مباشرة من المواطنين المسجلين عبر الانتخابات. ويتولى المجلس الوطني سلطة التشريع الاتحادي بجانب رئيس الجمهورية وذلك حسب دستور السودان، واختارت الحكومة النظام الاتحادي للعمل به كنظام للحكم بتوجيه في مؤتمر الحوار الوطني حول قضايا السلام عام 1989م. وقد ظلت الفيدرالية متأصلة في الآداب السياسية السودانية عند حل قضية الجنوب. وقد أنشأ ديوان الحكم الاتحادي ليطلع بمهام التنسيق بين الأجهزة في ممارسة سلطاتها بموجب المرسوم الدستوري الرابع.
